Järnefelt teki kapellimestarina merkittävimmän uran oopperan parissa. Hän suunnittelikin vuosisadan vaihteessa vakavasti oopperan säveltämistä, jolloin teoksena olisi ollut keskiaikaisen englantilaisen balladin suomalaistuneeseen versioon perustunut Velisurmaaja. Myöhemmin, 1910-luvun alussa, hänelle ehdotettiin oopperan säveltämistä Juhani Ahon romaanista Juha, mutta hän kieltäytyi hankkeesta.
Oopperaa Järnefelt ei siis koskaan säveltänyt, mutta näyttämömusiikki muutoin oli hänelle tuttu laji. Hän sävelsi musiikin neljään näytelmään. Suomessa tapahtuneita esityksiä varten syntyivät musiikit Topeliuksen satuun perustuvaan näytelmään Miranda (1901), Immi Hellénin raamatullisen näytelmään Luvattu maa (1907) ja Arvid-veljen näytelmään Titus (1910); Ruotsissa taas sai ensi-iltansa Aristofaneen Linnut (1928), johon Järnefelt sävelsi musiikin.
Näyttämömusiikkeihin Järnefelt kirjoitti sekä itsenäisiä musiikkikappaleita, lauluja että melodraamoja (eli musiikin säestämiä lausutuja jaksoja). Tyylillisesti näyttämömusiikkien erilliset numerot kattavat laajan asteikon sen mukaan, minkälaisia tunnelmia tarvittiin näytelmien ja kohtausten tapahtumiin. Konserttisaleissa Järnefeltin näyttämömusiikeista tunnetaan parhaiten kolmiosainen sarja näytelmästä Luvattu maa, joka kuuluu hänen eheimpiin luomuksiinsa ja jonka voi hyvin asettaa Sibeliuksen näyttämömusiikeista tehtyjen sarjojen rinnalle.
Lähellä näyttämömusiikkia on vuonna 1919 valmistunut musiikki suomalais-ruotsalaisen mestariohjaajan Mauritz Stillerin elokuvaan Sången om den eldröda blomman (Laulu tulipunaisesta kukasta), joka perustuu Johannes Linnankosken menestysromaaniin ja josta tuli myös Ruotsin kukoistaneen mykkäelokuvan siihen mennessä suurin taloudellinen menestys. Kyseessä on pohjoismaisen elokuvamusiikin pioneeriteos, ensimmäinen pohjoismainen pitkä elokuva, johon sävellettiin täysimittainen alkuperäismusiikki. Suomalainen aihe on saanut Järnefeltin nojautumaan teoksessa kansallisromanttiseen tyyliin, mutta ilmaisuasteikko on laaja ja ulottuu herkästä lyyrisyydestä tehokkaaseen dramatiikkaan. Elokuvan musiikista tunnetaan parhaiten kuohuvan romanttinen koskenlaskukohtaus, josta Järnefelt on itse tehnyt erillisen ”Koskenlasku” nimisen orkesterisovituksen.